【佳學(xué)基因檢測】靜脈血無細胞血漿基因檢測指導(dǎo)靶向藥物PARP 抑制劑 Rucaparib 的選擇和應(yīng)用

采用血漿進行腫瘤靶向藥物基因檢測導(dǎo)讀

基于BRCA1或BRCA2 (BRCA) 突變的轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌 (mCRPC)患者的 TRITON2 2 期研究，聚(ADP-核糖)聚合酶(PARP)抑制劑 rucaparib 在美國獲得批準。盡管建議將基因組篩查作為前列腺癌預(yù)后和治療方案綜合評估的一部分，但選擇 mCRPC 患者接受 PARP 抑制劑治療的最佳方法取決于個體臨床情況。例如，評估腫瘤組織可能并不總是可行的。血漿 DNA 的基因組檢測變得更容易獲得，為同時評估原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的 DNA 提供了一種微創(chuàng)選擇。

案例介紹

一名患有 BRCA 突變 mCRPC 的 TRITON2 患者對 PARP 抑制劑 rucaparib 有反應(yīng)，并繼續(xù)治療 32 周，這比他之前的每種療法(比卡魯胺、多西他賽、阿比特龍)的持續(xù)時間長了 2 倍以上。根據(jù)保存的活檢組織的局部基因組檢測結(jié)果，該患者參加了 TRITON2，該結(jié)果表明存在BRCA1 T1399I(等位基因百分比，19%)突變。本地測試還發(fā)現(xiàn)了一個ATM G1663C 突變、一個TP53 P191del 突變和一個BRAF K601E 突變。對患者開始使用 rucaparib 之前獲得的血漿樣本的分析檢測到與檔案活檢中相同的基因突變，但它也揭示了BRCA2的存在純合缺失(全基因，26 個外顯子中的 26 個)和其他幾種未知功能影響的改變。腫瘤靶向用藥基因檢測研究團隊假設(shè)患者腫瘤對 rucaparib 的反應(yīng)可能是由所有BRCA2外顯子的純合缺失引起的 DNA 損傷修復(fù)缺陷驅(qū)動的。由于臨床疾病進展而停用 rucaparib 后，患者接受卡鉑和卡巴他賽約 3 周?；颊咭?a href='http://m.lucasfraser.com/cp/fenxian/' target='_blank'>疾病進展而死亡。

采用血漿進行腫瘤靶向藥物基因檢測的結(jié)論

該病例的一個值得注意的方面是在病例庫腫瘤樣本和最近的血漿樣本中檢測到的變化存在差異。這凸顯了在選擇靶向治療 mCRPC 時，血漿檢測與組織檢測相比的優(yōu)勢；但是，醫(yī)生必須確定哪種工具可以為每個病例提供最佳解決方案。

血漿腫瘤靶向藥物基因檢測關(guān)鍵詞：

血漿,BRCA,前列腺癌,PARP抑制劑,病例報告,聚(ADP-核糖)聚合酶

血漿腫瘤基因檢測基本知識介紹

前列腺癌的分子特征與識別高危遺傳因素和開發(fā)具有基因組生物標志物的靶向治療越來越相關(guān)。批準用于轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌 (mCRPC) 患者的靶向治療包括多聚 (ADP-核糖) 聚合酶 (PARP) 抑制劑奧拉帕尼和魯卡帕尼，它們已在 DNA 損傷修復(fù)（(DDR) 缺陷患者，特別是BRCA1或BRCA2 (BRCA) 基因突變患者中顯示出療效。這種突變與患者的不良臨床特征和不良預(yù)后有關(guān)。根據(jù)對 BRCA 突變 mCRPC 患者進行的 TRITON2 期研究，Rucaparib 在美國獲得批準。

建議對包括BRCA1和BRCA2在內(nèi)的多個基因的致病性突變進行基因組篩查，作為前列腺癌預(yù)后和治療方案綜合評估的一部分。然而，選擇 mCRPC 患者使用 PARP 抑制劑治療的最佳方法取決于患者的個體臨床情況。由于缺乏足夠質(zhì)量的組織樣本或難以獲得同期活組織進行檢查，對腫瘤組織進行分子評估(歷來是金標準)可能并不總是可行的。血漿中游離 DNA (cfDNA) 的基因組檢測在技術(shù)上已經(jīng)取得進步，并且變得更容易獲得，為同時評估來自原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的 DNA 提供了一種微創(chuàng)選擇。基于血漿的檢測方法，例如 Foundation One Liquid CDx(Foundation Medicine, Inc.，Cambridge，MA)，已被批準作為選擇接受 PARP 抑制劑治療的患者的伴隨診斷方法。

在 TRITON2 中，患者是根據(jù)中央組織、中央血漿或局部測試結(jié)果(血液、組織和/或血漿)的改變狀態(tài)前瞻性選擇的，反映了 mCRPC 患者臨床基因組測試的真實情況。在這里，前列腺癌的腫瘤靶向治療基因檢測技術(shù)提升及驗證小組報告了一個基于歸檔活檢的下一代測序 (NGS) 的 TRITON2 患者的案例研究，隨后對預(yù)處理血漿 cfDNA 的基因檢測揭示了其他感興趣的基因突變，前列腺癌靶向藥物基因檢測評估驗證小組認為這些改變有助于患者魯卡帕尼的臨床治療產(chǎn)生效果。

靶向藥物臨床案例詳細介紹

一名 52 歲男性出現(xiàn)間歇性便秘和背痛，有淋巴細胞計數(shù)減少病史(兩個月前記錄)。患者從不吸煙，沒有癌癥家族史或其他癌癥風險因素。最初的計算機斷層掃描顯示 T4 期前列腺腺癌侵犯鄰近結(jié)構(gòu)，轉(zhuǎn)移至區(qū)域淋巴結(jié)(N1 期)，并轉(zhuǎn)移至肝臟、骨骼和遠處淋巴結(jié)(M1 期)。對腹膜后淋巴結(jié)進行活檢以確認組織學(xué)。他的前列腺特異性抗原 (PSA) 水平為 1291ng/mL。

患者在確診后不久開始使用抗雄激素比卡魯胺(口服)(圖 1A)和促性腺激素釋放激素激動劑亮丙瑞林(有效注射)隨后開始影響雄激素剝奪?；颊呓邮苤委?，直到 15 周后前列腺特異性抗原值開始上升，患者停用比卡魯胺。多西他賽(靜脈輸注；4 個周期)加潑尼松(口服；連續(xù)給藥)作為標準治療；多西紫杉醇治療結(jié)束后繼續(xù)使用強的松1周以控制癥狀。由于影像學(xué)顯示疾病進展和前列腺特異性抗原進展，患者最終停用多西他賽/潑尼松，并立即開始使用阿比特龍作為雄激素受體靶向治療，持續(xù) 7 周直到影像學(xué)疾病進展和前列腺特異性抗原進展。

圖1：(A)患者的臨床過程和(B) 前列腺特異性抗原和腫瘤測量值。*兩個可測量的肝臟病變。BID，每天兩次；PSA，前列腺特異性抗原；Q3M，每 3 個月一次；Q3W，每 3 周一次；QD，每日一次。

停用阿比特龍后，根據(jù)初步診斷時獲得的檔案組織活檢(腹膜后淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移，90% 腫瘤純度)的局部基因組檢測結(jié)果，患者被納入 TRITON2 研究。本地測試使用了 Oncomine™ 綜合檢測 v3(Thermo Fisher Scientific Inc.，Waltham，MA，USA)，它可以檢測 161 個癌癥相關(guān)基因中的單核苷酸變異、拷貝數(shù)變異、基因融合和插入/缺失。該局部測試表明存在BRCA1 T1399I(等位基因部分 [AF]，19%)突變(表1)，一種在卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域內(nèi)具有不確定意義的新變體，生物信息學(xué)分析預(yù)測其對 BRCA1-PALB2 相互作用具有有害影響。有害或可能破壞性的ATM G1663C 突變、破壞性TP53 P191del 突變和致癌的激活BRAF還檢測到 K601E 突變；沒有檢測到基因擴增或基因融合。TRITON2 患者在開始使用 rucaparib 之前提供血漿樣本用于中央基因組分析。使用 FoundationOne 液體 CDx 分析對患者的 rucaparib 前血漿樣本進行分析，該分析分析 324 個癌癥相關(guān)基因并確定相同類別的 BRCA 改變，包括純合缺失。FoundationOne 液體 CDx 檢測檢測到與存檔組織活檢的 Oncomine 分析相同的變化，但也揭示了BRCA2純合缺失(整個基因，26 個外顯子中的 26 個)的存在以及血漿樣本中未知功能影響的其他幾個變化28% 腫瘤含量 (表1)。

表1:分子診斷分析的結(jié)果

活檢來源基因改變	AF (%)	根據(jù) Oncomine 報告的預(yù)測效應(yīng)/致病性	ClinVar 臨床意義
組織的局部基因組檢測a
BRCA1 T1399I	19	有害^b ; 可能會損壞^c	未報告
ATM G1663C	34	有害^b ; 可能會損壞^c	未報告
TP53 P191del	84	破壞性^_	意義不明
BRAF K601E	34	致癌，激活突變	致病性
	AF (%)	FoundationOne 的功能影響	ClinVar 臨床意義
TRITON2 血漿基因組檢測e
BRCA2純合丟失	–	致病性	–
BRCA1 T1399I	13.06	意義不明	未報告
ATM G1663C	26.74	致病性	未報告
TP53 P191del	28.61	致病性	意義不明
BRAF K601E	25.92	致病性	致病性
AR擴增	–	致病性	–
ALK C987R	0.21	意義不明	未報告
DIS3 H734Q	20.19	意義不明	未報告
DOT1L T790M	53.29	意義不明	未報告
FLT1 P1201L	44.57	意義不明	可能是良性的
GNA13:HIVEP1重排	–	意義不明	未報告
HSD3B1 I79T	2.54	意義不明	未報告
IRF4剪接位點 493-2_493-1ins87	37.87	意義不明	未報告
LYN擴增	–	焦點擴增	–
NBN擴增	–	意義不明	–
RAD21擴增	–	焦點擴增	–

^a診斷時腹膜后淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移活檢(Oncomine™ 綜合檢測 v3)。^b SIFT 生物信息學(xué)工具。^c Per Polyphen 生物信息學(xué)工具。^d根據(jù) PROVEAN 生物信息學(xué)工具。^e Pre-rucaparib 血漿樣本(FoundationOne Liquid CDx Assay)。AF，等位基因分數(shù)。

患者開始使用推薦劑量的 rucaparib，600 mg，每天兩次，但由于惡心/疲勞，劑量減至每天兩次 500 mg，患者最終接受了 rucaparib 32 周。圖 1A)。在加入 TRITON2 時，患者有 >21 個骨相關(guān)病變和多個肝臟病變。根據(jù)修改后的實體瘤反應(yīng)評估標準 1.1 版，rucaparib 治療產(chǎn)生了確認的部分反應(yīng)(肝轉(zhuǎn)移靶病變直徑減少 51%；圖 1B) 持續(xù) 13 周，持續(xù)到后續(xù)抗癌治療之前的最后一次放射學(xué)評估，導(dǎo)致 29 周的 rPFS，沒有確認的骨骼進展。患者也有確認的前列腺特異性抗原反應(yīng)(最大降低 95%；圖 1B) 從第一劑 rucaparib 起持續(xù) 28 周。患者在研究 32 周后因臨床疾病進展停止了 rucaparib 治療，隨后因疼痛的骨損傷接受了姑息性放療。

停止 rucaparib 治療后，患者接受了 2 個周期的卡鉑和卡巴他賽(靜脈輸注)，直到兩個月后隨后的掃描顯示非靶肝病灶出現(xiàn)進展性疾病?；颊咄Ｓ每ㄣK/卡巴他賽，未接受任何進一步的抗癌治療。由于疾病進展，患者在初步診斷后約 23 個月死亡。

前列腺癌的靶向藥物基因檢測的分析與共識性意見

在這里，前列腺癌靶向藥物基因檢測質(zhì)量提升及技術(shù) 驗證團隊報道了一名患有 BRCA 突變的 mCRPC 的患者，他對 PARP 抑制劑 rucaparib 的治療有反應(yīng)，他接受 rucaparib 治療的時間是他接受的其他每種療法的 2 倍以上。我們假設(shè)患者的腫瘤對 rucaparib 的反應(yīng)可能是由所有BRCA2外顯子的純合缺失引起的 DDR 缺陷驅(qū)動的。值得注意的是，組織 NGS 是在初始診斷時獲得的檔案腫瘤樣本上進行的，而血漿 NGS 是在 rucaparib 治療之前(診斷后 43 周)獲得的樣本上進行的。該組織含有一個BRCA1錯義改變，具有計算推斷的有害影響，而患者的血漿產(chǎn)生了純合的全基因BRCA2除了BRCA1改變之外的缺失。

這一結(jié)果證明了選擇“正確”樣品和分析類型以及分子分析的正確時間所面臨的挑戰(zhàn)。由于 Oncomine 和 FoundationOne 液體 CDx 檢測都能夠檢測所有改變類型，因此對不一致的可能解釋是腫瘤沉積物之間的時間和/或空間異質(zhì)性。例如，腹膜后淋巴結(jié)(活檢后不符合作為惡性病變追蹤的大小標準)可能不包含BRCA2純合子丟失(尚未)，而轉(zhuǎn)移灶，例如肝臟(確實有反應(yīng))和骨骼中的轉(zhuǎn)移灶，可能包含這種改變。這突出了血漿檢測克服對單個病變?nèi)拥南拗频哪芰?，因為血漿可能含有來自原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性病變的 DNA ，前提是血漿中存在足夠的腫瘤含量，而患者可能并非如此腫瘤負荷低或?qū)χ委熡蟹磻?yīng)的人?；蛘?，有可能BRCA2在多西他賽和阿比特龍治療后的初始淋巴結(jié)活檢后獲得純合丟失。在疾病進展和/或治療過程中出現(xiàn)的體細胞 BRCA 改變已被證明占 mCRPC 中所有 BRCA 改變的一半，其中純合 BRCA 缺失約占 mCRPC 中所有 BRCA 改變的 20% 。因此，血漿檢測的另一個優(yōu)點是它能夠查詢當前的基因組景觀，而不是通常進行組織活檢時的早期疾病階段。

在最近的一項分析中，>90% 的 mCRPC 患者具有可檢測到的循環(huán)腫瘤 DNA (ctDNA) ，并且在 ctDNA 中檢測到的改變頻率與組織活檢研究中報告的頻率相似。此外，在 TRITON2 和 olaparib 的 3 期 PROfound 研究的分析中，匹配的血漿和組織對之間的高度一致性 (75–90%)突出了血漿檢測在檢測感興趣基因改變中的效用，例如作為BRCA1和BRCA2。然而，有趣的是要注意像當前患者這樣的病例，其中不一致的結(jié)果已經(jīng)確定了其他可操作的基因改變。重要的是，在通過組織或血漿檢測到 BRCA 改變的 TRITON2 型 mCRPC 患者中，rucaparib 治療后的客觀和前列腺特異性抗原反應(yīng)率相似。

一般來說，對從血液中純化的 cfDNA 進行基因組分析可以替代 mCRPC 患者的腫瘤組織檢測。mCRPC 患者很少接受常規(guī)活檢取樣，診斷時從單一部位收集的檔案活檢組織可能不太能代表轉(zhuǎn)移性疾病狀態(tài) 。由于 mCRPC 主要針對骨骼，許多患者缺乏可觸及的軟組織病變以進行同期活檢。然而，cfDNA 可以通過微創(chuàng)抽血從患者身上獲得，以評估同時期的基因組腫瘤景觀。血漿檢測的一個重要問題是由于技術(shù)或生物學(xué)因素導(dǎo)致的 cfDNA 檢測可能出現(xiàn)假陽性結(jié)果，例如低變異等位基因頻率和不確定潛能的克隆造血 (CHIP)；因此，可以通過組織和/或匹配的非腫瘤樣本測序來補充血漿檢測的使用。已經(jīng)開發(fā)了技術(shù)和分析方法來解決諸如低水平的腫瘤 DNA 和檢測某些類型的基因組變化(例如，融合、缺失、拷貝數(shù)變異)等困難。)。同時，在對單個樣本進行測序以獲得特定時間點的基因組快照時，可能有資格接受靶向治療的缺失患者可能是一個真正的問題。建議在患者的整個疾病過程中測試來自患者的多個樣本，以捕獲其演變過程中的基因組拓撲結(jié)構(gòu)。

總之，這個案例是一個例子，在選擇靶向治療 mCRPC 時，血漿檢測與組織檢測相比具有幾個優(yōu)勢。但是，在所有情況下，醫(yī)生都必須確定哪種工具可以為任何給定患者的臨床情況提供最佳解決方案。

Case Reports

Front Oncol， 2022 Aug 1;12:951348. doi: 10.3389/fonc.2022.951348. eCollection 2022.