【佳學(xué)基因檢測(cè)】腫瘤與癌癥基因檢測(cè)如何處理樣本以便進(jìn)行正確的NGS檢測(cè)？

NGS技術(shù)在癌癥基因組學(xué)檢測(cè)中應(yīng)用廣泛,但在測(cè)試的廣度與深度、通量與成本之間也存在一定必要的相互取舍。

全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序和全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等綜合方法可以檢測(cè)樣本中所有的遺傳變異,揭示腫瘤的全貌,但也比較耗時(shí)耗力,計(jì)算量大,成本高。相比之下,設(shè)計(jì)針對(duì)性測(cè)序面板僅關(guān)注數(shù)十上百個(gè)已知的癌相關(guān)基因,可以實(shí)現(xiàn)更高通量的測(cè)試,滿足臨床實(shí)驗(yàn)室的需求。這類面板設(shè)計(jì)覆蓋熱點(diǎn)區(qū)域的深度更高,對(duì)低豐度突變的檢出也更加敏感。

然而,更為廣泛的測(cè)序方法可以檢測(cè)出更多未知的功能影響、結(jié)構(gòu)變異、表觀遺傳學(xué)改變等,這些信息對(duì)判斷預(yù)后和指導(dǎo)治療也很重要。此外基于RNA測(cè)序的方法在檢測(cè)基因融合、表達(dá)調(diào)控方面也具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。

在設(shè)計(jì)目標(biāo)富集測(cè)序系統(tǒng)時(shí),不同實(shí)驗(yàn)室根據(jù)自身臨床背景需要權(quán)衡多個(gè)因素:1)希望檢測(cè)的遺傳變異的類型;2)需要覆蓋的基因范圍;3)各類突變的檢出靈敏度;4)結(jié)果轉(zhuǎn)化為臨床決策的可解釋性;5)成本和測(cè)序周轉(zhuǎn)時(shí)間。常用的靶向富集策略有兩種:PCR擴(kuò)增子法和雜交探針?lè)?各有利弊。

綜上,NGS平臺(tái)和目標(biāo)基因組的選擇并無(wú)先進(jìn)的好壞,需要根據(jù)檢測(cè)目的和使用場(chǎng)景來(lái)決定。同時(shí),檢測(cè)的報(bào)銷問(wèn)題和結(jié)果的臨床運(yùn)用也是實(shí)驗(yàn)室必須考量的切實(shí)問(wèn)題。這需要業(yè)內(nèi)的通力合作來(lái)推進(jìn)指南和政策的制定,使更多患者從基因組學(xué)檢測(cè)中受益。

在使用基于NGS的癌癥基因組學(xué)檢測(cè)時(shí),需要在全面性與針對(duì)性之間進(jìn)行選擇。全基因組測(cè)序、全外顯子組測(cè)序和全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序這類“組學(xué)”方法可以檢測(cè)樣本中所有的遺傳變異,描繪腫瘤全貌,但計(jì)算量大,周轉(zhuǎn)時(shí)間長(zhǎng),成本也高。相反,設(shè)計(jì)針對(duì)性的面板,僅關(guān)注數(shù)十上百個(gè)臨床相關(guān)基因,可以實(shí)現(xiàn)更高通量的測(cè)試,滿足臨床需求。這類面板覆蓋熱點(diǎn)區(qū)域深度更高,對(duì)低豐度突變的檢出也更敏感。

然而,更廣泛的測(cè)序可以檢測(cè)出更多未知的功能影響變異、結(jié)構(gòu)變異和表觀遺傳學(xué)改變等,這些信息對(duì)判斷預(yù)后和指導(dǎo)治療也很關(guān)鍵。此外,基于RNA測(cè)序的方法,在檢測(cè)基因融合和表達(dá)調(diào)控方面也具獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。

在設(shè)計(jì)目標(biāo)富集測(cè)序系統(tǒng)時(shí),不同實(shí)驗(yàn)室要根據(jù)自身的臨床應(yīng)用背景,權(quán)衡多個(gè)因素:1)需要檢測(cè)的遺傳變異類型;2)覆蓋的基因范圍;3)各類突變的檢出敏感度;4)結(jié)果轉(zhuǎn)化為臨床決策的可解釋性;5)成本和測(cè)序周轉(zhuǎn)時(shí)間等。常用的靶向策略有PCR擴(kuò)增和探針雜交兩種,各有優(yōu)劣。

總體而言,NGS平臺(tái)和目標(biāo)基因組的選擇,需基于具體的檢測(cè)目的和使用情景。同時(shí),考量檢測(cè)的報(bào)銷問(wèn)題和結(jié)果的臨床應(yīng)用也十分必要。這需要業(yè)內(nèi)通力合作,推進(jìn)指南和政策的制定,使基因組學(xué)檢測(cè)惠及更多患者。