【佳學基因檢測】如何將腫瘤基因檢測的研究結(jié)果快速應用到臨床

腫瘤基因檢測導讀：

隨著生物醫(yī)學技術(shù)的不斷進步，腫瘤基因檢測與精準治療逐漸成為腫瘤治療領(lǐng)域的重要組成部分?；驒z測能夠識別腫瘤的分子特征，為醫(yī)生制定個性化治療方案提供依據(jù)。盡管當前有多種基因檢測技術(shù)和生物標志物可供選擇，但其在臨床實踐中的應用仍處于不斷發(fā)展和完善之中。本文將探討腫瘤基因檢測的現(xiàn)狀、相關(guān)技術(shù)及其在精準治療中的重要性，分析研究與臨床實踐之間的“灰色地帶”，并展望未來的發(fā)展方向。

腫瘤基因檢測的基礎(chǔ)

腫瘤基因檢測是指通過檢測腫瘤細胞中的基因突變、基因表達和其他遺傳特征，以評估腫瘤的生物學行為和預后?；驒z測可以幫助醫(yī)生選擇合適的治療方案，提高治療效果。

1. 主要的基因檢測方法

a. 單基因檢測

單基因檢測是指對特定基因進行檢測，以確定其突變狀態(tài)。例如，在結(jié)直腸癌患者中，KRAS基因的突變狀態(tài)可以指導抗EGFR治療的選擇。這類檢測較為簡單，適用于明確已知的生物標志物。

b. 多基因檢測

隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，多基因檢測（如NGS）逐漸成為主流。多基因檢測可以同時評估多個基因的突變狀態(tài)，為患者提供更全面的信息。這種檢測適合于復雜的腫瘤類型，能夠發(fā)現(xiàn)潛在的治療靶點。

c. 全基因組測序

全基因組測序（WGS）是對整個基因組進行測序，能夠識別所有可能的遺傳變異。這種技術(shù)雖然成本較高，但為腫瘤的深入研究提供了豐富的數(shù)據(jù)。

2. 主要生物標志物的應用

在腫瘤的基因檢測中，一些生物標志物已經(jīng)成為臨床實踐的標準。以下是幾個關(guān)鍵的生物標志物及其應用：

a. KRAS基因

在結(jié)直腸癌患者中，KRAS基因的突變與抗EGFR療法（如西妥昔單抗和帕尼單抗）的療效相關(guān)。對KRAS突變的檢測已經(jīng)成為臨床指南推薦的標準。

b. HER2基因

在乳腺癌中，HER2基因的表達水平與抗HER2靶向治療（如曲妥珠單抗和拉帕替尼）的應用密切相關(guān)。HER2檢測的普遍采用標志著精準治療的一個重要里程碑。

c. PD-L1表達

PD-L1的表達水平是判斷免疫檢查點抑制劑（如納武單抗和帕博利珠單抗）療效的關(guān)鍵因素。高PD-L1表達通常預示著更好的治療反應。

前沿研究與臨床實踐之間的灰色地帶

盡管腫瘤基因檢測技術(shù)已經(jīng)取得了顯著進展，但在臨床應用中仍然存在許多挑戰(zhàn)，主要體現(xiàn)在以下幾個方面：

1. 標記物的標準化與驗證

目前，許多基因標記物仍處于“研究”階段，尚未獲得臨床使用的廣泛認可。例如，盡管有專家共識認為某些基因標記物具有可操作性，但國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)（NCCN）尚未推薦這些基因的普遍檢測。這種狀態(tài)使得研究與臨床實踐之間的轉(zhuǎn)化面臨困難。

2. 成本效益比的爭論

隨著基因檢測技術(shù)的發(fā)展，檢測成本逐漸降低。然而，如何評估廣泛基因檢測的成本效益比仍是一個有爭議的話題。雖然高通量測序能夠提供大量信息，但其實際應用價值仍需通過更多的臨床試驗進行驗證。

3. 數(shù)據(jù)解讀與臨床決策

基因檢測結(jié)果的解讀通常需要專業(yè)的知識，許多臨床醫(yī)生可能對復雜的基因組信息感到困惑。此外，某些標記物的臨床意義需要借助致病基因鑒定基因解碼進行明確，如何將基因檢測結(jié)果有效地轉(zhuǎn)化為治療決策仍然是一個挑戰(zhàn)。

佳學基因檢測的優(yōu)勢

盡管當前腫瘤基因檢測與精準治療面臨諸多挑戰(zhàn)，但隨著科技的進步與臨床研究的不斷深入，未來的發(fā)展前景依然廣闊。

1. 擴大基因檢測的應用范圍

佳學基因檢測致力于擴大基因檢測的適用范圍，探索更多潛在的生物標志物，以提升治療的有效性。例如，研究人員正在積極尋找新的驅(qū)動基因和突變，以指導靶向治療。

2. 增強數(shù)據(jù)共享與合作

為了加速基因檢測結(jié)果的臨床應用，促進數(shù)據(jù)共享與國際合作至關(guān)重要。通過建立統(tǒng)一的數(shù)據(jù)共享平臺，研究人員和臨床醫(yī)生可以更有效地交流和驗證檢測結(jié)果，提高研究的有效性。

3. 實施個體化治療策略

隨著對腫瘤分子機制的深入理解，個體化治療策略將成為未來治療的主流。這要求將患者的基因檢測結(jié)果與其臨床表現(xiàn)、生活方式等信息結(jié)合起來，為患者制定量身定制的治療方案。

4. 進行更大規(guī)模的臨床試驗

當前許多基因檢測仍缺乏大規(guī)模的臨床試驗證據(jù)。未來的研究需要加強多中心、大規(guī)模的臨床試驗，以驗證新標記物和靶向治療的臨床效益，為臨床實踐提供堅實的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。

腫瘤基因檢測的共識性結(jié)論

腫瘤基因檢測與精準治療正在為癌癥治療帶來深遠的變革。盡管在研究與臨床實踐之間仍存在一些挑戰(zhàn)，但通過標準化檢測、優(yōu)化數(shù)據(jù)共享和推動個體化治療的發(fā)展，我們有望在不久的將來實現(xiàn)更高效的癌癥治療。隨著科學技術(shù)的進步和臨床研究的深入，腫瘤基因檢測的未來將充滿希望，為更多患者帶來福音。

根據(jù)《人體腫瘤及其基因序列變化》，不同腫瘤的臨床醫(yī)學基因檢測位點

NSCLC					肛門癌					結(jié)直腸癌
檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比
MSI	NGS	10	1893	0.5	TML	NGS	6	91	33.0	KRAS	NGS	1744	3427	50.9
TML	NGS	712	4557	15.6	PD‐L1	IHC	63	191	33.0	NRAS	NGS	146	3427	4.3
PD‐L1 (22c3)	IHC	2541	5658	44.9	PIK3CA	NGS	22	92	33.0	BRAF	NGS	285	3427	8.3
ALK	IHC	10	4606	0.2	TP53	NGS	10	92	33.0	PIK3CA	NGS	600	3427	17.5
MET	NGS	84	4606	1.8	MSI	NGS	0	40	0.0	POLE	NGS	14	3424	0.4
MET	CNV	84	4606	1.8	腹膜癌					RSPO3	Fusion	32	1272	2.5
MET	Fusion	84	4606	1.8	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	MLH1	IHC	5840	6132	95.2
ALK	ISH/fusion	10	4606	0.2	KRAS	NGS	42	87	48.3	PMS2	IHC	5719	6097	93.8
ALK	NGS	10	4606	0.2	GNAS	NGS	24	87	27.6	MSH2	IHC	6011	6121	98.2
RET	Fusion	19	4164	0.5	SMAD4	NGS	10	87	11.5	MSH6	IHC	5947	6104	97.4
ROS1	Fusion	14	4186	0.3	ATM	NGS	2	87	2.3	MSI	NGS	83	1346	6.2
RET	Fusion	19	4164	0.5	BRAF	NGS	4	87	4.6	TML	NGS	247	3400	7.3
PTEN	IHC	7792	12,618	61.8	NRAS	NGS	1	87	1.1	HER2	IHC	161	8708	1.8
BRAF	NGS	165	4606	3.6	PIK3CA	NGS	3	87	3.4	HER2	CISH	129	4460	2.9
EGFR (L858R)	NGS	174	4659	3.7	MLH1	IHC	190	192	99.0	PD‐L1	IHC	196	6405	3.1
EGFR (exon 19 del)	NGS	260	4659	5.6	PMS2	IHC	189	192	98.4	PTEN	IHC	5334	11,407	46.8
EGFR T790M	NGS	62	4773	1.3	MSH2	IHC	189	192	98.4	小腸癌
EGFR tertiary	NGS	3	4659	0.1	MSH6	IHC	187	192	97.4	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比
ERBB2	NGS	70	4606	1.5	MSI	NGS	1	27	3.7	KRAS	NGS	100	183	54.6
KRAS	NGS	1319	4606	28.6	TML	NGS	1	87	1.1	NRAS	NGS	3	183	1.6
NTRK1/2/3	Fusion	3	3797	0.1	PD‐L1 (SP142)	IHC	7	211	3.3	BRAF	NGS	14	183	7.7
NTRK	IHC	35	2031	1.7	PTEN	IHC	252	393	64.1	PIK3CA	NGS	26	183	14.2
PIK3CA	NGS	219	4606	4.8						POLE	NGS	1	183	0.5
DDR2	NGS	0	4606	0.0						MLH1	IHC	88	96	91.7
AKT1	NGS	9	4761	0.2						MSH2	IHC	90	96	93.8
小細胞肺癌										MSH6	IHC	89	96	92.7
檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比						PMS2	IHC	89	96	92.7
MSI	NGS	0	88	0.0						MSI	NGS	10	71	14.1
TML	NGS	13	205	6.3						TML	NGS	18	182	9.9
PD‐L1	IHC	182	206	88.3						HER2	IHC	10	482	2.1
TP53	NGS	99	205	48.3						HER2	CISH	11	269	4.1
RB1	NGS	11	206	5.3						PD‐L1	IHC	25	342	7.3
NOTCH1	NGS	0	206	0.0						PTEN	IHC	264	526	50.2
RET	NGS	0	206	0.0						RSPO3	Fusion	6	57	10.5
SMO	NGS	0	49	0.0

胃食管癌					膽管癌					膀胱癌
檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比
ATM	NGS	31	922	3.4	IDH1	NGS	39	474	8.2	MSI	NGS	4	152	2.6
BLM	NGS	5	921	0.5	IDH2	NGS	14	474	3.0	TML	NGS	58	361	16.1
CDH1	NGS	50	921	5.4	BAP1	NGS	35	474	7.4	ATM	NGS	21	364	5.8
MLH1	NGS	6	922	0.7	PBRM1	NGS	23	474	4.9	BRCA1	NGS	12	364	3.3
MSH2	NGS	3	921	0.3	KRAS	NGS	82	474	17.3	BRCA2	NGS	17	364	4.7
MSH6	NGS	15	921	1.6	NRAS	NGS	16	474	3.4	ERCC2	NGS	0	364	0.0
PMS2	NGS	2	921	0.2	BRAF	NGS	13	474	2.7	FANCC	NGS	0	364	0.0
SMAD4	NGS	44	921	4.8	PIK3CA	NGS	30	474	6.3	FGFR3	NGS	43	364	11.8
BMPR1A	NGS	7	921	0.8	MLH1	IHC	70	73	95.9	RB1	NGS	55	364	15.1
TP53	NGS	686	922	74.4	PMS2	IHC	69	73	94.5	TSC1	NGS	23	364	6.3
PTEN	NGS	30	922	3.3	MSH2	IHC	72	73	98.6	PD‐L1	IHC	162	788	20.6
APC	NGS	58	922	6.3	MSH6	IHC	72	73	98.6	PROSTATE CANCER
STK11	NGS	17	921	1.8	MSI	NGS	1	177	0.6	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比
PD‐L1	IHC	180	1804	10.0	TML	NGS	15	469	3.2	MSI	NGS	6	151	4.0
MSI	NGS	15	389	3.9	HER2/neu	IHC	40	1301	3.1	TML	NGS	15	416	3.6
TML	NGS	47	916	5.1	HER2	CISH	38	618	6.1	ATM	NGS	22	422	5.2
HER2	IHC	75	1431	5.2	PD‐L1	IHC	78	934	8.4	BRCA1	NGS	6	365	1.6
HER2	CISH	168	1323	12.7	BRAF	Fusion	2	131	0.0	BRCA2	NGS	26	365	7.1
PIK3CA	NGS	34	462	7.4	FGFR3	Fusion	1	149	0.7	AR	NGS	35	440	8.0
CDKN2A	NGS	78	922	8.5	FGFR2	Fusion	7	149	4.7	PD‐L1	IHC	25	811	3.1
胰腺癌					肝細胞癌					AR	IHC	1127	1213	92.9
檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	TMPS:ERG2	Fusion	57	198	28.8
MSI	NGS	6	456	1.3	CTNNB1	NGS	53	166	31.9
TML	NGS	18	1149	1.6	TP53	NGS	56	166	33.7
KRAS	NGS	942	1164	80.9	ARID1A	NGS	8	166	4.8
NRAS	NGS	2	1164	0.2	MSI	NGS	1	69	1.4
BRAF	NGS	18	1164	1.5	TML	NGS	4	166	2.4
CDKN2A	NGS	229	1164	19.7	PD‐L1	IHC	26	366	7.1
HER2	IHC	38	2096	1.8
HER2	ISH	26	4063	0.6
PD‐L1	IHC	222	2682	8.3
ATM	NGS	42	1164	3.6
BRCA1	NGS	13	1031	1.3
BRCA2	NGS	36	1031	3.5

腎癌					子宮內(nèi)膜癌					乳腺癌 (繼續(xù))
檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比
MSI	NGS	1	107	0.9	TML	NGS	282	1469	19.2	BRCA1	NGS	59	1960	3.0
TML	NGS	3	327	0.9	MSI	NGS	163	796	20.5	BRCA2	NGS	88	1960	4.5
BAP1	NGS	33	333	9.9	MSI	Frag analysis	267	1831	14.6	CDH1	NGS	160	2164	7.4
FH	NGS	2	332	0.6	POLE	NGS	42	1841	2.3	CHEK2	NGS	32	2169	1.5
FLCN	NGS	1	332	0.3	PTEN	NGS	1137	1843	61.7	ESR1	NGS	159	2164	7.3
MET	NGS	6	333	1.8	PIK3CA	NGS	823	1843	44.7	FLCN	NGS	3	2164	0.1
PBRM1	NGS	60	332	18.1	ARID1A	NGS	745	1841	40.5	NBN	NGS	4	2164	0.2
SDHD	NGS	0	332	0.0	HER2 (ERBB2)	NGS	21	1843	1.1	NF1	NGS	86	2169	4
SETD2	NGS	46	332	13.9	HER2 (ERBB2)	CNV	61	1867	3.3	PALB2	NGS	27	2164	1.2
TSC1	NGS	5	332	1.5	MSH6	IHC	2273	2295	99	PTEN	NGS	143	2169	6.6
TSC2	NGS	2	332	0.6	MSH2	IHC	2301	2306	99.8	STK11	NGS	15	2164	0.7
VHL	NGS	153	333	45.9	PMS2*	IHC	1887	2293	82.3	TP53	NGS	1203	2169	55.5
PD‐L1	IHC	117	630	18.6	MLH1*	IHC	1912	2298	83.2	GLIOBLASTOMA
卵巢癌					PD‐L1	IHC	460	4502	10.2	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比
檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	宮頸癌					IDH1	NGS	161	851	18.9
MSI	NGS	23	1484	1.5	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	IDH2	NGS	3	851	0.4
TML	NGS	63	3434	1.8	MSI	NGS	2	116	1.7	BRAF	NGS	17	851	2.0
BRCA1	NGS	238	2924	8.1	TML	NGS	20	305	6.6	MSI	NGS	1	265	0.4
BRCA2	NGS	180	2922	6.2	TP53	NGS	56	307	18.2	TML	NGS	28	847	3.3
ATM	NGS	63	3463	1.8	PIK3CA	NGS	92	307	30.0	ATRX	NGS	59	851	6.9
PIK3CA	NGS	290	3463	8.4	PD‐L1	IHC	191	802	23.8	CIC	NGS	18	851	2.1
PTEN	NGS	158	3463	4.6	BREAST CANCER					FUBP1	NGS	8	851	0.9
KRAS	NGS	253	3463	7.3	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	MGMT	Methylation	828	1773	46.7
NF1	NGS	170	3463	4.9	MSI	NGS	5	779	0.6	1p19q	FISH	52	779	6.7
ARID1A	NGS	279	3458	8.1	TML	NGS	76	2146	3.5.0	EGFRvIII	Fusion	87	630	13.8
SMARC4A	NGS	19	3452	0.6	PD‐L1	IHC	389	5519	7	EGFR	CNV	257	828	31
ER	IHC	7947	16,384	48.5	AR	IHC	5698	11,114	51.3	PD‐L1	IHC	209	1346	15.5
PR	IHC	4698	16,353	28.7	ER	IHC	5598	9404	59.5	NTRK	Fusion	8	404	2.0
PD‐L1	IHC	748	8693	8.6	PR	IHC	3806	9362	40.7	MET	Fusion	11	404	2.7
					HER2	IHC	900	9299	9.7	EGFR	Fusion	3	404	0.7
					HER2	CISH	726	6087	11.9	FGFR3	Fusion	12	404	3.0
					ATM	NGS	50	2169	2.3	BRAF	Fusion	2	404	0.5
										PDGFRA	Fusion	1	404	0.2

肉瘤					黑色素瘤					葡萄膜黑色素瘤
檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比	檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比
MSI	NGS	6	350	1.7	MSI	NGS	0	293	0.0	MSI	NGS	0	22	0.0
TML	NGS	32	1025	3.1	TML	NGS	289	774	37.0	TML	NGS	3	97	3.1
RB1	NGS	63	1034	6.1	BRAF	NGS	313	782	40.0	BAP1	NGS	49	99	49.5
NF1	NGS	51	1036	4.9	KIT	NGS	20	801	2.0	GNA11	NGS	43	99	43.4
KIT	NGS	1	601	0.2	MEK1	NGS	27	782	4.0	GNAQ	NGS	48	99	48.5
PDGFRA	NGS	0	1036	0.0	NF1	NGS	189	782	24.0	SF3B1	NGS	11	99	11.1
EWSR1	Fusion	3	28	10.7	NRAS	NGS	197	782	25.0	PD‐L1	IHC	21	139	15.1
RET	Fusion	1	469	0.2	CDKN2A	NGS	111	782	14.0
ALK	Fusion	3	470	0.6	PTEN	NGS	47	782	6.0
NTRK1	Fusion	1	469	0.2	MDM2	CNV	16	749	2.0
RAF1	Fusion	1	28	3.6	PD‐L1	IHC	452	1381	33.0
PD‐L1	IHC	505	2386	21.2
HNSCC頭頸部鱗狀細胞癌
檢測位點	檢測技術(shù)	陽性樣本數(shù)量	全部樣本數(shù)量	占比
MSI	NGS	1	164	0.6
TML	NGS	24	324	7.4
TP53	NGS	201	326	61.7
PIK3CA	NGS	43	326	13.2
PD‐1	IHC	250	340	73.5
PD‐L1	IHC	255	721	35.4

縮寫：AR，雄激素受體；CISH，顯色原位雜交；CNV，拷貝數(shù)變異；del，缺失；ER，雌激素受體；FISH，熒光原位雜交；Frag分析，片段分析；HNSCC，頭頸部鱗狀細胞癌；IHC，免疫組織化學；ISH，原位雜交；MSI，微衛(wèi)星不穩(wěn)定性；NGS，下一代測序；NSCLC，非小細胞肺癌；PD-1，程序性細胞死亡蛋白1；PD-L1，程序性死亡配體1；PR，孕酮受體；TML，腫瘤突變負荷。

(責任編輯：佳學基因)