【佳學(xué)基因檢測】在對家族多代人進(jìn)行外顯子組測序基因檢測：改進(jìn)對NGS測序數(shù)據(jù)的解釋

2022年靶向藥價格一覽表—目的

基因測序尤其是全外顯子測序及全基因組測序獲得遠(yuǎn)超過數(shù)據(jù)庫有記錄的變異體，基因解碼技術(shù)課題調(diào)研腫瘤個性化藥物研究路徑《腫瘤基因突變度與預(yù)防策略的實施計劃》《Pharmacol Rev》在 2020 Oct; 72(4): 862–898發(fā)表了一篇題目為《在多代家族中復(fù)制外顯子組測序：改進(jìn)對下一代測序數(shù)據(jù)的解釋》腫瘤靶向藥物治療基因檢測臨床研究文章。該研究由Ai-Ming Yu,等完成。提供了一種除大數(shù)據(jù)以外的主度聚焦的基因組數(shù)據(jù)分析解讀方法，是基因解碼技術(shù)對基因檢測個體特異性數(shù)據(jù)正確解讀的有效工具。

腫瘤靶向藥物及正確治療臨床研究內(nèi)容關(guān)鍵詞：

全外顯子組測序,WES,遺傳病變,重復(fù)WES,臨床診斷設(shè)置

腫瘤靶向治療基因檢測臨床應(yīng)用結(jié)果

背景：全外顯子組測序 (WES) 正在迅速發(fā)展成為一種選擇工具，用于快速、廉價地識別人類基因組目標(biāo)區(qū)域內(nèi)的分子遺傳病變。雖然 WES 對目標(biāo)區(qū)域核苷酸的覆蓋率存在偏差，但在臨床診斷環(huán)境中，WES 的重復(fù)如何改善測序結(jié)果的解釋尚不清楚。方法為了解決這個問題，我們比較了三個獨立生成的六個個體的外顯子組捕獲代測序一式三份。這為每個技術(shù)復(fù)制庫生成了 48x-86x 的高質(zhì)量映射堿基 (>Q20) 的平均目標(biāo)深度。累積地，我們?yōu)樽V系中的每個人實現(xiàn)了 179 - 208 倍的平均目標(biāo)覆蓋率。使用這種實驗設(shè)計，我們評估了 WES 解釋中的隨機(jī)性、基因分型靈敏度和檢測從頭變異的正確性。結(jié)果：在這項研究中，我們表明 WES 的重復(fù)在匯總數(shù)據(jù)后改進(jìn)了捕獲目標(biāo)區(qū)域的解釋 (93.5 - 93.9%）。與 81.2 - 89.6 % (50.2-55.4 Mb of 61.7 M) 的目標(biāo)堿基覆蓋率在 ≥ 20x 的單個技術(shù)復(fù)制中相比，聚合數(shù)據(jù)覆蓋了 93.5 - 93.9 % 的目標(biāo)堿基 (57.7 - 58.0 of 61.7 M) 在 ≥ 20x閾值，表明覆蓋率提高了 4.3 – 12.7%。每個人的總數(shù)據(jù)集在可變目標(biāo)區(qū)域內(nèi)恢復(fù)了 3.4 – 640 萬個堿基。我們發(fā)現(xiàn)了 WES 技術(shù)固有的技術(shù)可變性 (2-5%)。我們還展示了在評估當(dāng)前條件下缺乏解釋的臨床重要區(qū)域時改進(jìn)的解釋，影響了美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)學(xué)院 (ACMG) 推薦用于二次分析的 56 個基因中的 12-16 個。我們證明了比較技術(shù)復(fù)制 WES 數(shù)據(jù)集及其派生的聚合數(shù)據(jù)可以有效地解決整體 WES 基因分型差異。結(jié)論我們描述了一種評估外顯子組文庫制備中的可重復(fù)性和隨機(jī)性的方法，并描述了聚合從技術(shù)復(fù)制中獲得的數(shù)據(jù)的優(yōu)勢。這項研究的意義直接適用于改進(jìn)的實驗設(shè)計，并為快速、有效和正確地獲得高效的候選核苷酸變體提供了機(jī)會。

腫瘤發(fā)生與反復(fù)轉(zhuǎn)移國際數(shù)據(jù)庫描述：

Whole-exome sequencing,WES, genetic lesions,repetition of WES,clinical diagnostic setting