基因解碼采用的高通量測序（NGS)技術為創(chuàng)新的 ChIP，即染色質免疫沉淀的研究方法提供了解碼基因調控的強大工具和高精度的分辨率，擴大了分析的規(guī)模?；蚪獯a自身的質量控制和適當?shù)臄?shù)據(jù)分析技術對于從數(shù)據(jù)中提取具有臨床意義的結果至關重要。在過去的幾年里，一系列基因信息的智能分析工具的開發(fā)使研究人員能夠處理和分析 ChIP-seq 數(shù)據(jù)。佳學基因生物信息培訓班概述了主要基于開源 Bioconductor 項目的軟件包分析 ChIP-seq 數(shù)據(jù)的方法。在一系列對基因檢測機構開展的培訓中包括了數(shù)據(jù)對齊、峰值調用、質量控制和數(shù)據(jù)可視化，以及其他更復雜的方法，例如識別差異結合區(qū)域和功能分析以注釋調節(jié)區(qū)域。佳學基因培訓班的數(shù)據(jù)分析過程可以利用公開可用的數(shù)據(jù)集進行學習和練習，并將學習獲得的技能用于常規(guī)分析 ChIPseq 數(shù)據(jù)。在佳學基因的高級培訓課中，與佳學基因有合作的機構或者是佳學基因培訓學院可以逐漸構建可以完成特定基因解碼目標的分析流程。

基因解碼過程所采用的ChIP-seq，說一種具有特定目的的高通量測序技術。Chip-seq在《高通量測序技術的應用》中被翻譯為染色質免疫沉淀后高通量測序。在高通量國家重點實驗是主要用于揭示對各種疾病和生物途徑（如癌癥和發(fā)育）中基因調控事件，從而獲得前所未有的見解和發(fā)現(xiàn)，以擴展基因檢測項目。ChIP-seq 允許研究人員染色質框架結構的改變因子如轉錄因子或其他染色質相關蛋白（如 RNA 聚合酶或染色質調節(jié)劑）與DNA序列的結合模式。這使得基因解碼機構比基因檢測機構檢測分析的基因序列更多、更全。 ChIP-seq 實驗的成功很大程度上取決于賊終的信噪比（即非特異性沉淀 DNA 的富集水平）。基因解碼研究中心的數(shù)據(jù)表明：一下幾個因素已會影響結果的質量。（1）從實驗因素，例如被分析組織中感興趣的蛋白質的表達水平或抗體的效率，到 ChIP 固有的技術因素-seq技術。生成的大型數(shù)據(jù)集、廣泛存在的質量問題以及 ChIP-seq 數(shù)據(jù)的多樣性使其生物信息學分析成為一項具有挑戰(zhàn)性的任務。 ChlP-seq 數(shù)據(jù)分析涉及許多計算分析步驟，強大的計算方法以進行廣泛的質量控制步驟是必要的，這樣可以識別樣品制備過程的人為數(shù)據(jù)或者是實驗流程本身的技術偏差。近年來，已經(jīng)開發(fā)了幾種 R/Bioconductor 工具，使研究人員能夠處理和分析 ChIP-seq 數(shù)據(jù)。佳學基因生物信息訓練營詳細介紹了可用的方法，并描述了用于分析 ChIP-seq 數(shù)據(jù)的各種散發(fā)。重點在于介紹具有開源特點的 Bioconductor 分析軟件包。