【佳學(xué)基因檢測】基因檢測包在腎臟疾病診斷性檢測中的應(yīng)用
靶向測序基因檢測包-目標面板基因檢測
NGS基因面板，也叫做基因檢測包是對選 定的機檢測機構(gòu)認定的需要檢測的基因進行定向富集，所以對單個基因的富集程 度WES或WGS更高，分析更快，介價格更便宜。這種基因檢測包被提議為對遺傳性腎病分子診斷基因 檢測的一的一線測試。在這種方法中，對患者的一組基因進行檢測是，而選擇的基因通與考慮的臨床表征的范圍有相關(guān)；例如，對腎病綜合征患者經(jīng)常選用一個該疾病遺傳形式有關(guān)的基因組成的基因檢測包進行測試。
由于NGS面板正迅速成為一線診斷性測試，因此，它們能夠正確地知首在人們選 擇的基因檢測包中是否存在特定的基因突變。美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)學(xué)院（ACMG）、英國臨床遺傳科學(xué)協(xié)會（ACGS）和歐洲人類遺傳學(xué)協(xié)會（ESHG）等組織已經(jīng)發(fā)布了關(guān)于基因測序的覆蓋率、測序深度以及其他質(zhì)量指標的臨床NGS技術(shù)指南。對于某些區(qū)域例如具有高GC含量的區(qū)域（例如，與阿爾波特綜合征（OMIM 104200；203780）和薄基底膜?。∣MIM 141200）發(fā)生相關(guān)的COL4A3的先進外顯子）和具有高同源性序列的區(qū)域 （如，與常染色體顯性多囊腎?。∣MIM 173900）相關(guān)的PKD1基因），NGS覆蓋率很低，實驗室通常采用其他方法，如Sanger測序和長程PCR，以確保所有靶區(qū)在足夠的深度上得到全面覆蓋。
由于測序是選擇性的，靶向基因檢測包不會發(fā)現(xiàn)所關(guān)心的主要適應(yīng)癥無關(guān)的基因中產(chǎn)生的突變，從而產(chǎn)生必需進行第二次檢測的負擔(dān)。如果采用基因要檢測包進行檢測，結(jié)果為陰性，即沒找致到致病基因，臨床醫(yī)生可以選擇另一個覆蓋的基因 數(shù)量更多的基因檢測包，或直接進行WES或WGS。這種序貫手術(shù)可能是目前賊全面和賊具成本效益的方法，尤其患者 的臨床特征強列說明該患者是患某種特定的遺傳性疾病。
腎病基因檢測包的應(yīng)用：
靶向基因檢測包是一種對多種腎臟疾病敏感且具有成本效益的診斷檢測方法，包括腎病綜合征、腎結(jié)石病、腎結(jié)核相關(guān)纖毛?。∟PHP-RC）和CAKUT，盡管在對家族性和/或兒科病例的進行檢測進，檢出率因疾病種類的不同出現(xiàn)變化，這種有針對性的基因檢測特別適合于參與的基因異質(zhì)性低的疾病。
例如，三個基因COL4A3、COL4A4和COL4A5的突變導(dǎo)致阿爾波特綜合征（OMIM 104200；203780；301050）和及其表征溫和的形式薄基底膜病（OMIM 141200）78,79。這些基因的靶向NGS測序在101例經(jīng)過臨床診斷為家族性血尿的患者中，為84例患者檢測到致病基因突變（檢出訓(xùn)練場為83%）。結(jié)合使用多重連接依賴性探針擴增（MLDP）、CMA和Sanger測序，能夠在NGS測序不能有效檢測的區(qū)域找到大型基因重排和其他致病基因突變。
然而，許多腎臟疾病的基因原因是異質(zhì)性的許多腎病相關(guān)基因的突變在臨床的表現(xiàn)也非常不同，說明基因因素和環(huán)境因素共同作用于腎臟疾病的發(fā)生。在這種情況下，設(shè)計一個適當平衡敏感性和特異性的基因小組是一個困難。限制面板中的基因數(shù)量減少了測試所需的成本和時間；然而，隨著新基因的發(fā)現(xiàn)，該基因檢測包可能需要頻繁更新，而且先前發(fā)現(xiàn)的相關(guān)基因與疾病的相關(guān)性比賊初報道的的要弱。檢測更多的基因可提高診斷敏感性，但也可提高不確定意義變異（VUS）的檢出率，使基因檢測的結(jié)果解釋和臨床隨訪復(fù)雜化。例如，對23個已知的與CAKUT常染色體形式相關(guān)的基因進行靶向測序，診斷率約為8%：對常染色體顯性形式的17個基因進行測序檢測時診斷 下降為6%。而如果選基因檢測包括的是常染色體隱性形式的6個基因，則檢出訓(xùn)練場下降為2.5%。一個由208個與綜合征或孤立性CAKUT相關(guān)的基因組成的擴展測序基因檢測包，包括基因解碼分析與該病相關(guān)的基因，在453名患者中，為151名患者找到了致病基因 ，檢出率為33%。為69名先前只發(fā)現(xiàn)了意義未明的基因突變的患者中的32名找到致病基因突變。如果將檢測包中的基因進一步擴展到330個基因，進行基因組檢測，在204例患者中的122例找到了致病基因突變，檢出率由由33%上升到60%。但是89名患者中檢測到了120個意義未明突變。
對于表現(xiàn)更不明確的患者，針對所有已知疾病相關(guān)基因的“孟德爾組”被認為是一種時間和成本效益高的一線測試，迄今為止，研究報告了一系列對一系列臨床疾病的高診斷率。這種基因檢測檢測擴展已知疾病的臨床癥況。但是需要定期更新以包括新發(fā)現(xiàn)的疾病相關(guān)基因。因此，孟德爾組相對于WES和WGS的診斷效用和成本效益值得進一步深入研究。
