【佳學(xué)基因檢測(cè)】轉(zhuǎn)移性腫瘤的綜合性基因檢測(cè)分析
轉(zhuǎn)移性腫瘤基因檢測(cè)
轉(zhuǎn)移是導(dǎo)致癌癥相關(guān)死亡的主要原因。盡管癌癥基因組圖譜項(xiàng)目已對(duì)手術(shù)切除的原發(fā)腫瘤類型進(jìn)行了測(cè)序,但對(duì)于臨床獲得的轉(zhuǎn)移性癌癥,較為全面的分子分析工作較少。在這里,轉(zhuǎn)移性腫瘤基因檢測(cè)臨床應(yīng)用對(duì)500例成年患有不同來(lái)源和活檢部位的轉(zhuǎn)移性實(shí)體瘤患者進(jìn)行了全外顯子組和全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。在轉(zhuǎn)移性癌癥中賊常見(jiàn)的體細(xì)胞突變基因包括TP53、CDKN2A、PTEN、PIK3CA和RB1。12.2%的病例存在潛在致病性的生殖系突變,其中75%與DNA修復(fù)缺陷有關(guān)。RNA測(cè)序可以補(bǔ)充DNA測(cè)序,以識(shí)別基因融合、通路激活和免疫分型。腫瘤正確用藥基因檢測(cè)850的研究結(jié)果表明,整合序列分析可提供轉(zhuǎn)移性癌癥復(fù)雜分子景觀和微環(huán)境的臨床相關(guān)性、多維度視圖。
佳學(xué)基因如何將重點(diǎn)放在腫瘤的轉(zhuǎn)移基因檢測(cè)上？
腫瘤轉(zhuǎn)移是癌細(xì)胞從原發(fā)部位擴(kuò)散并逐步殖民遠(yuǎn)端器官的過(guò)程。在90%以上的情況下,腫瘤細(xì)胞的轉(zhuǎn)移性擴(kuò)散是導(dǎo)致癌癥死亡的賊大因素。隨著大多數(shù)入組早期(I-II期)臨床試驗(yàn)的癌癥患者患有轉(zhuǎn)移性疾病,以及腫瘤基因組測(cè)序的興起,仍有望根據(jù)體細(xì)胞和生殖系變異的全面分子譜以及RNA測(cè)序提供的功能基因組、腫瘤表型和腫瘤微環(huán)境的組分,為患者匹配合適的療法。雖然轉(zhuǎn)移性腫瘤與其來(lái)源的原發(fā)腫瘤共享關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)突變,但它們常常在轉(zhuǎn)移和治療過(guò)程中發(fā)展出新的突變。因此,根據(jù)對(duì)轉(zhuǎn)移性腫瘤的實(shí)時(shí)分析而不是原發(fā)腫瘤的檔案資料為患者匹配潛在療法和臨床試驗(yàn)是可取的。
2010年,腫瘤轉(zhuǎn)移性基因解碼推出了密西根腫瘤測(cè)序(Mi-Oncoseq)計(jì)劃,這是一項(xiàng) IRB 批準(zhǔn)的前瞻性綜合外顯子組和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序計(jì)劃,面向晚期癌癥患者,與TCGA項(xiàng)目在原發(fā)癌癥上生成外顯子組和轉(zhuǎn)錄組序列的努力相呼應(yīng)。它是賊早為癌癥患者提供的全面臨床DNA和RNA測(cè)序項(xiàng)目之一。Mi-Oncoseq計(jì)劃的目的是確定腫瘤和生殖系基因組測(cè)序以及多學(xué)科正確醫(yī)學(xué)腫瘤委員會(huì)(PMTB)在管理晚期癌癥患者方面的實(shí)用性。該項(xiàng)目于2013年過(guò)渡到在CLIA條件下的臨床環(huán)境中開(kāi)展測(cè)序,作為臨床測(cè)序探索研究(CSER)聯(lián)盟的一部分。
在這項(xiàng)研究中,轉(zhuǎn)移性腫瘤基因檢測(cè)項(xiàng)目組對(duì)500例患有來(lái)自30多個(gè)原發(fā)部位并從22多個(gè)器官活檢的轉(zhuǎn)移性癌癥患者進(jìn)行了臨床級(jí)別的全外顯子組(腫瘤/正常)和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(即綜合測(cè)序)(簡(jiǎn)稱"MET500"隊(duì)列)。對(duì)患者的腫瘤和正常樣本進(jìn)行測(cè)序闡明了潛在的致病性生殖系改變,并提供了高分辨率的拷貝數(shù)景觀。RNA測(cè)序分析提供了對(duì)功能性基因融合、轉(zhuǎn)錄通路激活和免疫浸潤(rùn)景觀的見(jiàn)解。
